多式聯運是國際間貨物的聯合運輸，根據多式聯運和聯運經營人必須具備的條件，聯運線路的兩端必須在兩個不同的國家，在線路的兩端及中間各轉接點上要有設備完整的派出機構、代理機構組成的網絡，以完成貨物交接及服務事宜，提供必要的信息，完成單證轉遞等業務。在這種情況下，承擔多式聯運業務的企業（即多式聯運經營人）的經營方式通常有以下三種:
(一） 企業獨立經營方式
即企業在各線路兩端及中間各轉接點處均設（或派）有自己的子公司或辦事處等形式的派出機構或分支機構，作為全權代表處理攬貨、交接貨、訂立運輸合同協議，處理有關服務業務等運輸和銜接中所需要的一系列事務。一些較有實力的多式聯運經營人（mto)在世界的重要地區、主要城市都設有辦事處。聯運過程中的所有工作（除各區段實際運輸外）全部由自己的辦事處或分支機構承擔并完成。承運人型的多式聯運經營人多是這種形式（在成為mto以前，這類企業已經設立了許多辦事處和分支機構）。
(二） 兩企業間聯營方式
企業由位于聯運線路兩端的兩個（或幾個）類似的企業聯合經營方式，聯營的雙方互為合炸人，分別在各自的國家內開展業務活動，攬到貨物后，按貨物的流向及運輸區段劃分雙方應承擔的工作。在本國，自身是起運貨物的總承運人，而對方企業是該項運輸業務在對方國的代理，接續完成至交付貨物為止的全部工作。兩企業聯合經營承包的緊密程度由雙方協議確定，可有從互為代理，互付傭金直到雙方分享利潤，分攤虧損等不同形式。
(三）代理方式
即在線路的兩端和中間各銜接地點委托國外（內）同業作為多式聯運代理，辦理或代;安相詳全程運輸屮的分承運工作和交接貨物，簽發或回收多式聯運單證，制作有關單證，處理交換信息，代收、支費用和處理貨運事故或糾紛等。這種代理關系可以是相互的，也可是單方面的，在這種情況下，一般由多式聯運經營人向代理人支付代理費用，不存在分利潤、分攤虧損問題。
第一種方式一般適用于貨源數量較大，較為穩定的線路。一般要求企業具有較強的實力和業務基礎。這種方式由于全部工作由自己雇用的人員完成，工作效率較高，利潤也可能較高。第二種和第三種（特別是第三種）方式多適用于公司的經濟實力不足以設立眾多的海外辦事處和分支機構，或線路的貨源不夠大，不太穩定，或企業開展多式聯運業務的初期等情況。這種方式具有投資少，見效快，建立線路準備工作較少，業務擴大較快等優點；但與第一種方式比較，工作效率及利潤要低一些。大多數無船承運人型的多式聯運企業均采用后兩種形式。
上述介紹的是目前國際上通行的三種最基本的多式聯運企業經營方式。但在實際經營過程中，各多式聯運企業并不只按上面的三種方式的某一種經營，而是三種方式結合運用。即使是經濟實力很強的多式聯運經營人也只是在一些貨源量較大，中轉業務較多的地區、城市或不同線路交匯處設立自己的辦事處或分支機構（必須以經濟上合算為前提）。而在其他地點采用聯營與委托代理方式滿足各環節業務的實際需要。各多式聯運企業必須根據自己的經濟實力、業務量的大小決定采用一種形式和各種方式結合的程度，以便保證自己多式聯運業務的開展及迅速發展。