無論是絕對比較優勢理論還是相對比較優勢理論，都建立在社會分工基礎之上，認為在要素流動受限制的情況下，自由貿易將給所有參與國帶來福音，但這些理論都存在一定的俾設前提，而現實的復雜性卻使得這些假設前提無法實現。
首先，比較優勢理論認為，一國應專業化生產自己占比較優勢的產品，并以此交換自己占比較劣勢的產品，這一結論顯然并沒有考慮到不同國家的戰略定位問題，更沒有考慮到貿易收益的分配問題。在現實世界中，很多發達國家在高科技產品生產中占據比較優勢，而發展中國家則在低附加值的常規產品生產中有優勢。根據比較優勢理論，似乎發展中國家應該放棄生產高科技產品的努力，專注于普通產品。但這樣的選擇將使得發展中國家始終處于追隨者位置，被迫為發達國家的技術壟斷付出高昂代價，同時無法提高產品附加值比重，在國際分工中始終處于劣勢地位，更無法實現跳躍式發展目標。
其次，比較優勢理論的隱含前提是一國的資源得到了充分利用，如就業率處于飽和狀態，但現實中這一前提顯然無法實現。因此，國內的失業人群或者未充分利用的資本就會傾向于限制進口以獲得更多就業機會。
再有，比較優勢理論顯然忽視了物流成本對貿易產生的消極影響，更無法用來說明服務貿易的成因。如果兩國交換帶來的貿易利益無法彌補國際物流成本，國際貿易仍然無法形成。比較優勢理論的前提是要素流動受到制約.而當代社會條件下勞動力、資本跨國流動已經得到部分實現，因此比較優勢理論的現實意義受到質疑。
最后，比較優勢理論采用的是典型的靜態分析手法，它未能也無法揭示一國該如何獲取比較優勢。而后者往往是國家經濟政策制定者所最為關心的部分，這也使得比較優勢理論多數用來消極解釋既有現象，而無法積極用于未來的戰略決策。


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