吉國的進出口或轉口、轉運商品的監督管理工作由吉經濟、財政、計劃和私有化部所屬的間接稅局負責，該局各進出口岸均設有機構，運用電腦聯網管理。間接稅局內設稅務處，負責具體執行與間接稅有關的法律法規、各種間接稅的征收和管理工作。
1)進出口商品均應被征收關稅(吉布提不設單獨關稅，其關稅實際上是指由海關代為收繳的國內消費稅)、附加稅或有關直接稅。如進口商品來自與吉簽訂了優惠關稅協定的國家和地區，可享受關稅減免。
2)進出口商品應被運到設有間接稅局辦公室的地方或間接稅局指定地點。只有經海關允許，貨物才能在間接稅局規定的地點和時間裝卸。
3)間接稅局允許持有貨物通運保單的進出口商臨時免交關稅，保單持有人保證在規定時間內補納應繳捐稅。此類商品包括：將要轉口或進入工業保稅區或存入保稅倉庫的進出口商品;臨時輸出入的商品。
4)間接稅局有權扣留假冒偽劣和不符合海關申報程序的進出口商品，開出扣留通知書，對扣壓的商品可沒收充公、拍賣或按一定比例分配。間接稅局對偷漏稅、拒不納稅或走私行為進行獨立調查取證，并向吉法院一審法庭提起上訴。


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